Ботир Кудратходжаев на протяжении многих лет занимает ключевые должности в системе правоохранительных органов и силовых структур Узбекистана, последовательно проходя все этапы служебной карьеры от рядовых позиций до руководящих постов республиканского уровня.
Кудратходжаев окончил Ташкентский государственный юридический институт в 1997 году. Свою трудовую деятельность он начал в органах военной прокуратуры, заняв должность делопроизводителя в отделе кадров. В дальнейшем его карьера была тесно связана с расследовательской и надзорной деятельностью в системе военной юстиции.
Он работал следователем-криминалистом в Военной прокуратуре Ферганской области, затем старшим следователем Военной прокуратуры Ташкентского военного округа, а также военным прокурором одной из воинских частей. Эти годы стали для него периодом формирования профессионального опыта в сфере расследования сложных уголовных дел и прокурорского надзора.
В 2010-2012 годах Кудратходжаев занимал должность военного прокурора Восточного военного округа. С 2012 по 2014 годы он являлся первым заместителем Военного прокурора Узбекистана, участвуя в координации работы органов военной прокуратуры на общереспубликанском уровне.
С 2014 по 2016 год он работал прокурором Сурхандарьинской области, после чего в 2016–2017 годах возглавлял прокуратуру города Ташкента. В этот период ему приходилось решать широкий круг задач, связанных с обеспечением законности, надзором за следствием и защитой прав граждан.
С 2017 года Ботир Кудратходжаев был назначен директором Бюро принудительного исполнения при Генеральной прокуратуре, где курировал вопросы исполнения судебных решений. В 2020 году он занял пост прокурора Хорезмской области.
С ноября 2022 года Кудратходжаев работал заместителем генерального прокурора – военным прокурором Узбекистана, продолжив деятельность в сфере обеспечения законности в Вооружённых силах и других воинских формированиях.
В феврале 2025 года он был назначен министром по чрезвычайным ситуациям. А уже в январе 2026 года последовало новое кадровое решение: Ботир Кудратходжаев был назначен первым заместителем министра внутренних дел – начальником Оперативно-розыскного департамента.
